请问，upload文件夹的文件上传时一定要上传到根目录下吗？

请问，在安装supesite的过程中upload文件夹的文件上传时一定要上传到根目录下吗？请赐教！

不一定，实际上根目录是针对IIS和apache设置目录而言的。

这个要看你的个人需求，如果域名指向的是根目录，那放根目录好了；域名指向子目录，那就安装在子目录。
IIS与APACHE是不区别的，APACHE安装在根目录下面一般不会出问题；IIS安装在根目录下面可能会有权限问题。