我用老的mysql数据库，安装新下载的SS，应该注意些什么？

我是这样的情况，我的论坛由于漏洞被挂木马了。SS在根目录里，论坛在bbs下，造成SS的PHP文件也被挂木马了，我为了更彻底的清除，我准备，新下载一个SS和论坛程序，不执行安装过程，直接恢复链接文件，链接到mysql数据库，论坛已经可以这样恢复成功。但是SS，却不行，直接用新程序换链接文件，不好用。请问这是怎么回事，该如何处理？

ss还要修改配置文件的，config.php文件中将里面的各种配置都设置正确。