请问有关数据库目录之指定

今天遇到了奇怪的事！
由于空间放数据库的目录稍嫌小，只有200MB，故把数据库目录在 my.cnf 里设置指向较大的空间，并已用了半年余，并未出问题。
但今天突然找不到数据库，经查，原来是论坛去抓取旧数据库，导致有些数据找不到而产生1045的错误，即找不到某些栏位等。
后来我重启 MYSQL 就又正确的恢复原来新的数据。

请问这是什么原因？为什么好端端的论坛会去抓取旧数据库来用？
是不是我该把旧数据库删除？还是除了在 my.cnf 设置新数据库的目录，还必须在什么其他的文件也设置，这样它才不会又去用旧目录里的数据库？

请各位大哥、版主帮帮忙。谢谢！

我的是独立主机，请问有没有可能在空间商重启服务器时，让系统又把旧数据库目录当成是目前的目录呢？
如果有这个可能，那又该如何避免？或也要在某一份文件再做设置？让它的设置与my.cnf 里的数据库目录设置一致。